Mais en 1994, elle quitte le casting après seulement 4 saisons, à cause de nombreux conflits avec les autres acteurs. A partir de là elle enchaîne les téléfilms pour maintenir sa carrière à flot.
En 1998 rejoint une fois de plus le producteur Aaron Spelling pour un nouveau projet. Shannen interprète le rôle de Prue Halliwell dans Charmed, au coté d'Alyssa Milano et Holly Marie Combs. Cette nouvelle série est un succès, l'histoire de ses 3 sorcières qui combattent le mal attire des millions de téléspectateurs.

